Em 2021, a Aviação Naval da Marinha do Brasil está estruturada com suas unidades e esquadrões subordinados ao Comando da Força Aeronaval, com exceção dos quatro esquadrões de helicópteros de emprego geral subordinados aos 4º, 5º, 6º e 9º Distritos Navais:
- ComForAerNav – Comando da Força Aeronaval
- BAeNSPA – Base Aérea Naval de São Pedro da Aldeia
- CIAAN – Centro de Instrução e Adestramento Aeronaval Almirante José Maria do Amaral Oliveira
- EsqdHA-1 – 1° Esquadrão de Helicópteros de Esclarecimento e Ataque
- EsqdHI-1 – 1° Esquadrão de Helicópteros de Instrução
- EsqdHS-1 – 1° Esquadrão de Helicópteros Antissubmarino
- EsqdHU-1 – 1° Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral
- EsqdHU-2 – 2° Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral
- EsqdVF-1 – 1° Esquadrão de Aviões de Interceptação e Ataque
- EsqdQE-1 – 1° Esquadrão de Aeronaves Remotamente Pilotadas
- CeIMSPA – Centro de Intendência em São Pedro da Aldeia
- PNSPA – Policlínica Naval de São Pedro da Aldeia
- GAerNavMan – Grupo Aéreo Naval de Manutenção
- 4º Distrito Naval
- EsqdHU-41 – 1º Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral do Norte
- 5º Distrito Naval
- EsqdHU-51 – 1º Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral do Sul
- 6º Distrito Naval
- EsqdHU-61 – 1º Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral do Oeste
- 9º Distrito Naval
- EsqdHU-91 – 1º Esquadrão de Helicópteros de Emprego Geral do Noroeste
